Frag ihn doch mal ob er meint, Dein Kind solle jetzt generell milchfrei ernährt werden. Ich nehme an, dass er das nicht raten würde sondern zu anderer Milch als Muttermilch rät, weil er einem Trugschluss über den Wert von Muttermilch in der Ernährung des Kleinkindes aufsitzt und - wie aus mir völlig unverständlichen Gründen - meint, Muttermilch verliere an Wert oder sei sogar ab einem gewissen Punkt schädlich für's Kind. Ich vermute, dass er das ganz ohne den Eisenmangel AUCH sagen würde. Wie gesagt, reine Vermutung, aber er wäre damit bei weitem nicht der erste Mediziner hierzulande...
Es gibt also zwei Möglichkeiten:
1. er verwechselt Muttermlich mit Kuhmilch und rät deshalb von "Milch" im allgemeinen ab. Kuhmilch(produkte) hemmen nämlich in der Tat die Eisenaufnahme aus der Nahrung und man zwischen Kuhmilch(produkten) und Eisenpräparaten bzw. eisenreichen Nahrungsmitteln einige Zeit warten, damit man das Eisen nicht umsonst zu sich nimmt. Bei Muttermlich ist das aber meines Wissens nicht so und sie ist - im Gegenteil - der wichtigste Eisenlieferant für das Baby (abgesehen von seinen in den letzten Schwangerschaftswochen angelegten Eisenspeichern). Ein Kind hat also nicht WEGEN des STillens einen Eisenmangel sondern TROTZ des Stillens und er liegt vermutlich daran, dass sein Eisenspeicher nicht voll genug war, wofür es verschiedene Gründe geben kann.
Oder 2. Möglichkeit: Der Arzt meint, Dein Kind solle lieber Kuhmilch oder Folgemilch trinken statt Muttermilch. Kuhmilch hat aber einen geringeren Eisengehalt als Muttermilch und hemmt die Eisenaufnahme - ist also die denkbar schlechtere Alternative. Muttermilchersatznahrung auf der anderen Seite hat zwar einen wesentlich höheren Eisengehalt als MuMi, aber nur, weil das Kind nur einen Bruchteil des in Pulvermilch vorhandenen Eisens aufnehmen kann. Bei Muttermilch hingegegen liegt das Eisen in bioverfügbarer Form vor - und zwar genau wegen der in Deinem Zitat erwähnten Stoffe. Diese binden das Eisen nämlich im Darm und machen es dadurch für das kindliche Blut aufnehmbar - für die schädlichen Darmbakterien aber unverfügbar. Doppelter Nutzen.
Klar, durch Eisentropfen wird mehr Eisen zur Verfügung gestellt als durch die Muttermlich gebunden werden kann - dies kann es den schädlichen Keimen leichter machen. Aber ohne die Muttermilch würde es - wie andere schon schrieben - doch nicht besser?
Ich kenne keinen Grund, der gegen Weiterstillen und gleichzeitige Eisengabe spricht, aber mir würden eine ganze Menge Gründe gegen erzwungenes Abstillen, Hungernlassen und "zum Essen zwingen" einfallen

.
Dein Kind hat inzwischen mit den Eisentropfen normale Eisenwerte erreicht und entwickelt mehr Interesse am Essen. Prima!

Ganz offensichtlich funktionieren die Eisentropfen als ganz wunderbar auch MIT Weiterstillen

. Die Rolle, die Beikost beim Ausgleich eines wirklichen Eisenmangels spielen kann, wird völlig überschätzt. Ich würde meinem Kind nicht das einzige eisenhaltige Nahrungsmittel entziehen, das es gern und regelmäßig zu sich nimmt und das Eisen in ideal bioverfügbarer Form enthält: Deine Muttermilch.
Falls Du gern etwas professionelles Lesen möchtest:
Zum Thema "zum Essen zwingen" und wie schnell das zu Essensverweigerung beim Kind führen kann, kann ich sehr zu "Mein Kind will nicht essen" von Gonzales (einem spanischen Kinderarzt) raten, das ich selbst las, als mein Kind mit deutlich über einem Jahr kaum nennenswerte Mengen von Essen aß, sondern lieber lutschte und ausspuckte

Inzwischen isst er völlig normal neben dem Stillen
Und zum Thema "Muttermilch wird ab Zeitpunkt XY wertlos/schädlich/gehaltlos/unnütz/..." ist z.B. folgender Fachartikel nicht schlecht:
Was, Du stillst noch?